Фамилия Смулькина — женская форма, образованная от мужской Смулькин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Смулька. В русской ономастике суффикс -к- часто указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а окончание -ин — на принадлежность: «чей?» — Смулькин, то есть сын или потомок Смульки.

Исходное слово «смулька» могло иметь несколько значений. Наиболее вероятная версия — связь с диалектным глаголом «смулить», который в псковских и тверских говорах означал «мучить, томить, надоедать». Тогда Смулькой называли беспокойного, ворчливого или назойливого человека. В таком случае прозвище давалось по характеру, что типично для русских фамилий XVI–XVII веков.

Вторая версия — от слова «смуль» в значении «мелкая рыба, малёк» (из северо-западных говоров). Прозвище Смулька мог получить рыбак или человек маленького роста. Третья, менее распространённая гипотеза — связь с белорусским «смуль» (грязь, ил), откуда прозвище могло относиться к человеку, работающему в грязи, или к неряхе.

Фамилия редкая, географически привязана к западу России и северо-востоку Беларуси. Встречается в Псковской, Смоленской и Тверской областях, а также в Витебской области. В этих местах суффикс -ин в фамилиях распространён шире, чем -ов, что согласуется с местной антропонимической традицией.

Смулькины — почти наверняка крестьянского или мещанского происхождения. Фамилия не аристократическая, без дворянских корней. В дореволюционных метрических книгах её носители записаны как крестьяне или мещане. В советское время фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной.