Фамилия Софенин — редкий пример, когда основа настолько затемнена, что даже очевидный на первый взгляд корень ведёт не туда. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть фамилия образована от личного имени или прозвища Софеня. Казалось бы, здесь слышится греческое имя София (мудрость), но это ловушка: уменьшительная форма от Софии — Софа, Софка, Софьюшка, а не Софеня. Софеня — это народная, разговорная переделка канонического имени Иосиф. В русских говорах имя Иосиф (Осип) давало целый ряд производных: Осипеня, Осипенко, и через стяжение — Сопеня, Сопенин. А под влиянием книжного «София» звук «п» мог озвончиться или замениться на «ф». Так Иосиф через цепочку Осип → Сопеня → Софеня превратился в носителя фамилии Софенин.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -ин был основным патронимическим показателем. Встречается она нечасто: по данным современных телефонных справочников, основные очаги — Тверская, Ярославская и Вологодская области. Именно в этих краях имя Иосиф в просторечии чаще всего переходило в формы на -еня.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от прозвища Софеня, связанного с диалектным словом «софенить» — хитрить, лукавить, изворачиваться. Словарь В. И. Даля фиксирует «софениться» в значении «жеманничать, ломаться». Тогда Софенин — потомок человека, получившего прозвище за хитрость или притворство. Но эта версия слабее: прозвищный суффикс -еня чаще образует имена от крестильных основ (Тихоня, Мишеня), а не от глаголов.

Таким образом, подавляющее большинство Софениных — потомки человека по имени Иосиф, чьё имя в бытовой речи прошло необычный путь фонетических изменений. Фамилия — живое свидетельство того, как церковное имя, пройдя через крестьянский говор, может измениться до неузнаваемости.