Фамилия Спирягены происходит от прозвища или имени Спиряга. Первое, что бросается в глаза, — необычный суффикс -ен(ы). В русской фамильной традиции он встречается редко, чаще в южнорусских и украинских землях, где фамилии на -енко (Спиряженко), но -ен(ы) — это форма множественного числа, характерная для северных и центральных регионов России, а также для некоторых областей Беларуси. Такие фамилии (Спирягены, Рожковы, Смирновы) закреплялись за целым родом или семьёй и буквально означали «те, кто из рода Спиряги».

Основа Спиряга — это, скорее всего, производное от личного имени Спиридон (в просторечии Спиря) с уменьшительно-ласкательным суффиксом -яг(а). В русских говорах -яга (Спиряга, Степаняга) придавало имени фамильярный или пренебрежительный оттенок, но чаще просто указывало на молодого человека или сына: Спиряга — «маленький Спиря» или «сын Спиридона». Имя Спиридон греческого происхождения, означает «корзиночка» или «тело, вмещающее дух», но в быту оно ассоциировалось с крестьянином-тружеником.

Есть и вторая, менее вероятная версия: прозвище Спиряга могло образоваться от глагола «спирять» (в некоторых диалектах — «запирать, прятать») или от слова «спиря» — «запертое место, амбар». Тогда носитель прозвища мог быть сторожем, ключником или человеком, который что-то прятал. Но эта гипотеза слабая: нет устойчивых говоров, где «спиряга» означало бы профессию, а имя Спиридон было настолько распространено, что объяснение через личное имя кажется более естественным.

Фамилия Спирягены — не массовая, её можно встретить в документах XIX—XX веков на территории бывшей Вятской губернии (сейчас Кировская область) и в Пермском крае. В этих местах имя Спиридон было особенно популярно среди старообрядцев, которые часто селились обособленно и сохраняли архаичные формы фамилий. Редкость суффикса -ен(ы) и привязка к конкретному региону делают фамилию хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваши предки — Спирягены, с большой вероятностью они были крестьянами-старожилами северо-востока Европейской России.