Фамилия Стебекова — женская форма фамилии Стебеков, которая встречается редко и имеет неочевидное происхождение. В основе фамилии лежит прозвище или имя Стебек, образованное от слова «стебель». В русских говорах «стебек» могло означать не только часть растения, но и тонкого, высокого человека — такое прозвище давали за худощавое телосложение или долговязость. Возможно также, что прозвище носило ироничный характер: «стебек» в некоторых диалектах называли упрямого или въедливого человека.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Стебеков — сын или потомок Стебека. Окончание -а в женской форме — стандартная грамматическая русификация, не меняющая смысла. Суффикса -ова нет, это стяжение: Стебек + ов + а.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где слово «стебек» бытовало в народной речи. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от прозвища одного человека в конкретной деревне или селе. Второй, менее вероятный вариант: основа могла быть связана с тюркским корнем «стеб» (удар, толчок) или с диалектным «стебать» (бить, хлестать), но для фамилии Стебекова такое объяснение слабое, так как суффикс -ек в русских прозвищах чаще уменьшительно-ласкательный или прозвищный, а не глагольный.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская: прозвища от внешних признаков типичны для сельской среды, где человека легко могли окрестить Стебеком за рост или худобу. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.