Фамилия Стегненко образована по той же модели, что и множество украинских фамилий на -енко, которые изначально означали «сын такого-то» или «потомок такого-то». Если Иваненко — это буквально «сын Ивана», то Стегненко указывает на родство с человеком по имени или прозвищу Стегно.

Основа фамилии — слово «стегно». В древнерусском и украинском языках так называли верхнюю часть ноги, бедро. Прозвище Стегно могли дать человеку с длинными ногами, крепким телосложением или быстрой походкой. В старину подобные прозвища, связанные с частями тела, были обычным делом: так появлялись фамилии Головань, Носенко, Усенко. Стегненко стоит в этом же ряду.

Суффикс -енко в этой фамилии работает как указатель на происхождение. Первоначально форма Стегненко означала «сын Стегна», то есть сын человека, которого окружающие знали под этим прозвищем. Со временем патронимическое значение стерлось, и фамилия закрепилась за родом как постоянная.

Встречается и вариант написания Стегно, а также однокоренные фамилии Стегний, Стегнюк. Они все восходят к одному корню, но суффиксы распределяют их по разным регионам: -енко типично для восточной и центральной Украины, -юк чаще встречается на западе, а форма без суффикса могла закрепиться как прозвище или фамилия в русских говорах.

Сам корень «стегно» сохранился в современном украинском языке как анатомический термин, а в русском остался лишь в составе сложных слов, например «стегновая кость» в медицинской лексике. Поэтому фамилия Стегненко — живое напоминание о том, как обычное слово, обозначавшее часть тела, превратилось в родовое имя.

Точных сведений о первом носителе фамилии нет, как нет и данных о её распространении в конкретных областях. Но, судя по словообразовательной модели, фамилия возникла не позднее XVII–XVIII веков, когда патронимические формы на -енко массово закреплялись как наследственные.