Фамилия Стехонин образована от имени или прозвища Стехоня. Это нестандартный случай, поскольку в основе лежит не полное крестильное имя, а его народная, разговорная форма. Стехоня — это производное от канонического имени Стефан (в русском обиходе — Степан). В диалектах имя могли укорачивать, добавляя суффикс -ох- или -ех-, что давало варианты вроде Стехон, Стехоня. Такая модель характерна для северных и вятских говоров, где любили «обкатывать» имена до неузнаваемости.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Стехонин, то есть потомок Стехони. В русской ономастике фамилии на -ин обычно происходят от основ на -а/-я, что здесь и соблюдено. Интересно, что в отличие от более частых Степановых, Стефановых или Степанкиных, Стехонин сохранил редкую промежуточную форму имени. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в глухих деревнях, где местный говор консервировал архаичные прозвища.

По сословной принадлежности Стехонины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована — слишком «простонародная» основа. Встречается она преимущественно в Вятской губернии и прилегающих районах Поволжья, что подтверждается данными переписей XIX века. Если искать корни, стоит обратить внимание на Кировскую область, Удмуртию и Пермский край.

С точки зрения этимологии, есть одна тонкость: Стехоня могло быть не только производным от Степан, но и самостоятельным прозвищем от диалектного глагола «стехать» — стучать, колотить или, в некоторых говорах, «стегонуть» — хлестнуть. Однако такая версия менее вероятна: личные имена в основе фамилий встречаются гораздо чаще, чем прозвища по действию, тем более с таким редким суффиксом.