Фамилия Степынин образована от имени или прозвища Степыня. В основе лежит, скорее всего, уменьшительная форма от крестильного имени Степан (от греч. «стефанос» — венок). В русском языке имя Степан дало множество производных: Степа, Степка, Степуша, Степыня. Последняя форма — с суффиксом -ын(я) — характерна для северных и северо-западных говоров, где такие усеченные варианты имен были в ходу.

Словообразовательная модель проста: к основе Степын- добавлен патронимический суффикс -ин. Фамилия означает «сын Степыни», то есть потомок человека, которого в обиходе звали Степыня. В отличие от распространенных Степановых, Степынины встречаются реже, что указывает на локальное бытование прозвищной формы. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с таким именованием, особенно в районах бывшего Новгородского уезда и Вологодчины.

Интересная деталь: фамилия Степынин стоит в одном ряду с такими редкими вариантами, как Степышев, Степушкин, Степыгин. Все они образованы от разных уменьшительных форм одного имени, но именно Степынин сохранила архаичный суффикс, который в современном русском языке почти не используется для образования личных имен. Это косвенно указывает на древность прозвища: скорее всего, оно закрепилось в допетровскую эпоху, когда такие формы были обыденны.

Правописание фамилии устойчиво: одна буква «п», окончание -ин. Вариант Степинин (с двумя «и») ошибочен, так как корень — Степын-, а не Степин-. Встречающееся иногда ударение на последний слог (Степыни́н) нехарактерно для русской акцентологической нормы, где такие фамилии обычно сохраняют ударение основы: Сте́пынин.