Фамилия Стишенко в основе своей имеет личное прозвище Стиш. Если отталкиваться от украинского глагола «стишити», то смысл прозвища — «порадовать», «успокоить». Стишем могли назвать человека, который поднимал настроение окружающим, был весел и добродушен. Другая грань того же образа — человек, который никогда не отказывал в помощи и всегда делился полезным советом. Так или иначе, прозвище отражало характер родоначальника.

Суффикс -енко указывает на восточные районы Украины и Белоруссии, где такие фамилии формировались как обозначение потомка. Прозвище Стиш закрепилось за человеком как основное именование, а со временем его потомки стали носить фамилию Стишенко.

Стоит добавить, что в украинской ономастике фамилии с суффиксом -енко изначально были принадлежностными: они отвечали на вопрос «чей?» и означали сына или младшего члена рода. То есть Стишенко — это буквально «сын Стиша». Само прозвище Стиш могло быть и краткой формой какого-либо крестильного имени, например Стихий или Аристарх, но версия с глаголом «стишити» выглядит более прозрачной и ближе к народной традиции прозвищ по характеру. Встречаются и однокоренные фамилии — Стишевский, Стишков, что подтверждает существование основы Стиш в разных регионах.