Фамилия Стогниенко напрямую связана с прозвищем Стогний, которое в украинском языке означало «тот, кто постоянно стонет, жалуется, сетует», то есть нытик. Такое прозвище давали человеку, который часто выражал недовольство или жаловался на жизнь, и оно быстро закреплялось за ним в повседневном общении.

Основа фамилии — украинское слово «стогнiй», которое образовано от глагола «стогнати» (стонать). В украинской ономастике такие прозвища, отражающие особенности характера, встречаются довольно часто: они могли даваться как в насмешку, так и с долей иронии, но со временем становились полноценными наследственными именами.

Суффикс -енко, добавленный к основе, — типичный украинский патронимический формант, который указывает на происхождение по отцу. Изначально он означал «сын Стогния», то есть «Стогниенко» — это «сын того, кто стонет». Такая модель образования фамилий была особенно распространена в Левобережной Украине, на Полтавщине и в Черниговщине, где патронимы на -енко вытеснили другие формы уже в XVII–XVIII веках.

Интересно, что прозвище Стогний, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его — и в повседневной жизни, и в официальных документах. Это типичная история для украинских фамилий: прозвище, данное человеку за его манеру поведения или привычку, оказывалось более живучим, чем церковное или родовое имя, и переходило к детям как основное обозначение рода.

Стоит отметить, что фамилия Стогниенко не имеет отношения ни к каким географическим названиям или профессиям. В отличие от многих украинских фамилий, образованных от названий ремесел или местности, эта указывает исключительно на личностную черту предка. Поэтому, если искать корни рода, стоит обращать внимание не на занятия, а на характеры — вероятно, основатель рода действительно был человеком, склонным к постоянным жалобам, либо получил такое прозвище иронично, за противоположное поведение.

Сейчас фамилия Стогниенко встречается преимущественно в Украине и в южных регионах России, куда она попала вместе с переселенцами. В русскоязычной среде ее часто произносят с ударением на второй слог, хотя в украинском оригинале ударение традиционно падает на первый — Стогниенко.