Фамилия Стомахин — один из тех случаев, когда внешне понятный корень может ввести в заблуждение. На первый взгляд кажется, что в основе лежит слово «стомах» (желудок), но в русском языке оно не было ни общеупотребительным, ни прозвищным. Скорее всего, перед нами не медицинский термин, а искажённое или диалектное звучание другого имени.

Самая вероятная версия — происхождение от крестильного имени Евстафий или его просторечной формы Стахей. В народном произношении «Евстафий» часто укорачивалось до Стахей, Стах, а от них образовывались фамилии Стахов, Стахин. Стомахин мог возникнуть как вариант с протетическим «ом» или под влиянием акающих говоров, где безударное «а» звучало как «о»: «Стахин» превращалось в «Стомахин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Стомахин, то есть сын или потомок Стомаха (Стахея).

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с греческим словом «стомах» (желудок, устье), но такое прозвище могло закрепиться за человеком с отменным аппетитом или, наоборот, с болезнью желудка. Однако для русского быта XVI–XVII веков подобное прозвище — редкость, и греческое влияние вряд ли было массовым в крестьянской среде. Поэтому версия с Евстафием выглядит убедительнее.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных регионах России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её народное, а не книжное происхождение. В дворянских родословных книгах Стомахины не значатся — это фамилия крестьянская или мещанская, образованная в среде, где имя Стахей было привычным.