Фамилия Стовпыра — редкий случай, когда прозвище застыло в почти неизменном виде, без типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский. Она образована напрямую от украинского или белорусского слова «стовпира» — так в диалектах называли толстый, короткий кол или столбик, вкопанный в землю. Слово родственно русскому «столп» (столб), но с уменьшительно-уничижительным оттенком: не высокий столб, а корявая, приземистая опора.

Скорее всего, прозвище Стовпыра дали человеку плотного, коренастого телосложения — невысокому, но крепкому, устойчивому. В крестьянской среде такие прозвища были обычны: внешность, походка или фигура давали повод для меткого слова, которое потом закреплялось за родом. Менее вероятна, но возможна связь с профессией: так могли назвать того, кто делал такие столбики — например, для изгородей или подпорок в хозяйстве.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям и Украине. Встречается в Черниговской, Полтавской и соседних областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Сибири. В XIX веке носители фамилии числились в основном государственными крестьянами и казаками — то есть людьми, не знавшими помещичьей зависимости.

Словообразовательная модель без суффикса — так называемая «окаменелая» форма прозвища — характерна для украинской и белорусской ономастики. В русской традиции её чаще переделывали в Стовпыров или Стовпырин, но исходный вариант сохранился именно в тех регионах, где прозвище было в ходу. Так что фамилия Стовпыра — не искажение и не ошибка, а прямое свидетельство того, как в языке живёт старый диалектный корень.