Фамилия Стожилова — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя и не профессия, а слово, описывающее количество. Корень здесь — «сто», а вторая часть восходит к «жило»: так в старых русских говорах называли жильё, дом, а иногда и целое подворье или гнездо семьи. Получается, Стожилов — буквально «владелец ста домов» или «человек из ста дворов». Прозвище могли дать зажиточному крестьянину или купцу, у которого было большое хозяйство, либо в переносном смысле — главе многочисленного рода.

Суффикс -ов- в мужском варианте Стожилов указывает на типичную модель русских фамилий XIX века: притяжательное прилагательное от прозвища. Женская форма Стожилова — естественное окончание для дочери или жены. Сама конструкция «сто + жило» необычна: в отличие от фамилий вроде Стоянов (от имени Стоян) или Стоценко (от «сто цен»), здесь явный описательный смысл.

Географически фамилия редкая и локальная. Основные следы ведут в центральные и южнорусские области — Тульскую, Рязанскую, Воронежскую. В этих краях слово «жило» действительно фиксировалось в диалектах, а «сто» могло быть не точным числом, а гиперболой: «сто дворов» — то есть много, целое поселение. В ономастических справочниках фамилия не упоминается у Унбегауна или Никонова, что подтверждает её нечастотность.

Версия о происхождении от церковного имени Сто́жий маловероятна: такого имени в святцах нет. Связь с «стожаром» (шестом для сена) или «стогом» тоже сомнительна — тогда бы фамилия звучала как Стожаров или Стогов. Таким образом, самая правдоподобная гипотеза — прозвище, данное по масштабу владений или семьи. Носители фамилии Стожилова — потомки людей, которых в XVIII–XIX веках за богатство или многодетность называли «сто жил».