Фамилия Сухопер — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в её основу, почти не требует расшифровки. В ней слышится сложение двух корней: «сух» (от «сухой») и «пер» (от «перо»). Перед нами классическая модель прозвища по внешнему признаку или манере поведения, которую в XVI–XVII веках закрепили суффиксом -ов, превратив в фамилию: Сухоперов. Со временем, в разговорной речи или при записи, конечный суффикс мог отпасть, и фамилия закрепилась в усечённой форме Сухопер.

Значение прозвища прозрачно: «сухое перо». В крестьянской и казачьей среде, где писали гусиными перьями, метафора «сухое перо» могла означать плохого, нерадивого писаря — того, у кого «перо не пишет», то есть человека, не склонного к грамоте или неумелого в письме. Однако не исключён и более прямой, бытовой смысл: так могли прозвать тощего, «сухопарого» человека, чья фигура ассоциировалась с сухим стеблем или пером. В русских говорах слово «перо» имело и переносное значение — «что-то тонкое, острое», поэтому «сухоперый» — это долговязый, худощавый.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия близка к таким же сложным прозвищам, как Сухоруков, Сухонос, Сухобоков. Но если те фамилии распространены широко, то Сухопер встречается заметно реже, что указывает на локальное происхождение — скорее всего, из южнорусских или украинских земель, где была сильна традиция прозвищ с «говорящей» внутренней формой. В документах XVII века, например, в реестрах запорожских казаков, можно встретить схожие по структуре клички (Сухопера, Сухоперец), но сама фамилия Сухопер в письменных источниках фиксируется нечасто.

В современной России фамилия Сухопер — большая редкость. Её носители, скорее всего, потомки однодворцев или государственных крестьян юга России, где прозвища с пренебрежительным или шутливым оттенком нередко становились фамилиями. Примечательно, что в фамилии сохранилась архаичная форма без суффикса -ов, что иногда говорит о её более позднем оформлении или о влиянии украинской антропонимической традиции, где усечённые фамилии (вроде Коваль, Бондарь) были нормой.