Фамилия Сулкарнаева — редкий случай, где основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или иранская, а русский суффикс лишь оформил её в фамилию. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать слово «Сулкарнай» или «Сулкарна».

Первая часть — «сул» — восходит к тюркскому «су» (вода) или к арабскому «сул» (власть, господин). Вторая часть сложнее: «карнай» — это название длинной медной трубы, духового музыкального инструмента, распространённого у народов Средней Азии и Кавказа (карнай). Таким образом, «Сулкарнай» могло означать либо «водяной карнай» (прозвище музыканта, игравшего на этом инструменте у воды), либо, что более вероятно в ономастике, «главный карнай» — то есть ведущий трубач, глашатай или музыкант при дворе.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Сулкарнаев — сын или потомок Сулкарная. Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир, казахов или других тюркских народов, где имя или прозвище Карнай (по названию инструмента) было известно. В русские метрические книги фамилия попала через крещёных татар или выходцев из Поволжья.

Географически фамилия Сулкарнаева встречается в России крайне редко, преимущественно в Оренбургской области и Башкортостане — регионах, где традиция игры на карнае была сильна, а тюркские имена переходили в фамилии через русское делопроизводство. Сословно носители могли быть как из служилых татар (мурз), так и из крестьян-тептярей, но точных данных нет.

Вторая, менее вероятная версия — связь с иранским «сул» (огонь) и «кар» (работа, дело), но она не подкреплена топонимикой или историческими записями. Основная гипотеза — прозвище по инструменту — остаётся самой простой и правдоподобной: предок был трубачом, и имя инструмента стало его вторым именем.