Фамилия Султангубиева образована от мужского имени Султангуба — составного тюркско-арабского антропонима. Первая часть, «султан», в арабском означает «властитель, правитель», но в составе личных имён у тюркских народов (татар, башкир, казахов, кумыков) она часто теряла прямой титульный смысл и служила пожеланием могущества, благополучия или религиозного почтения. Вторая часть, «губа» (или «губ»), восходит к арабскому «губб» — «любимый, избранный». В целом имя Султангуба можно перевести как «любимец правителя» или «возлюбленный господина», хотя в бытовой среде оно скорее воспринималось как благозвучное сочетание, даваемое в честь предков.

Суффикс «-иева» указывает на принадлежность. В русской адаптации тюркских фамилий окончание «-ев» (после мягких или шипящих основ) заменяло исконную притяжательную форму. Таким образом, Султангубиева буквально — «дочь (или жена) Султангубы». Фамилия закрепилась в женском роде, но её мужская параллель — Султангубиев — встречается реже, так как у некоторых народов Северного Кавказа и Поволжья фамилии фиксировались в форме, оканчивающейся на «-а» для мужчин и «-ой» для женщин, однако под влиянием русской паспортной системы победил вариант на «-а» для обоих полов.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически сильны кумыкские, ногайские или татарские корни: Дагестан, Чечня, Ставрополье, Астраханская область. Встречается она и у башкир, но реже. Интересно, что в кумыкской среде имя Султангуба порой записывали как Султангубу, а в русских метриках XIX века — через «о» (Султангубов), что создавало путаницу при переписях. Сейчас носительницы фамилии Султангубиева живут в основном в городах Северного Кавказа и Москве — следствие миграций XX века.

С точки зрения словообразования, фамилия примечательна тем, что сохранила архаичную форму с суффиксом «-иев-», а не более привычным «-ов-». Это говорит о том, что её зафиксировали в документах не через русскую канцелярию, а через местную устную традицию, где имя склонялось по тюркскому образцу. В ономастических справочниках (например, в работах А. Суперанской по тюркским фамилиям) такие случаи описываются как примеры «полуадаптации» — когда русский суффикс наслаивается на тюркскую основу без усечения гласного.