Фамилия Султанканова — редкий случай, когда в основе лежит не просто титул, а целая цепочка тюркских словообразовательных моделей. На первый взгляд корень «султан» очевиден: в арабо-тюркской традиции это верховный правитель, владыка. Однако фамилия образована не напрямую от титула, а от личного имени Султанка, которое в свою очередь возникло как уменьшительная форма имени Султан с помощью тюркского ласкательного суффикса -ка. Такие имена были распространены у башкир, татар, казахов и других народов, где имя Султан давали не только знати — его могли носить и простые люди, надеясь на удачу или в честь старшего родственника.

Словообразовательная модель Султанканова — классическая для фамилий тюркского происхождения, вошедших в русскую систему. К основе на -а добавился русский патронимический суффикс -ов, который в женском варианте даёт окончание -а. Мужская форма — Султанканов. Суффикс -ин здесь был бы менее вероятен, так как тюркские основы на согласный или -а чаще оформляются через -ов. По сути, фамилия означает «потомок Султанки», то есть человека, носившего ласкательное имя-прозвище.

Географически фамилия тяготеет к регионам расселения башкир и татар: чаще всего её носители встречаются в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у казахов, но там обычно сохраняется форма Султанканов без адаптации под русское окончание -а. Сословно предки Султанкановых скорее всего были не дворянами, а государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами, которые получали имена в честь высоких титулов без реальной власти.

Стоит различать фамилию с однокоренными Султанов, Султаншин, Султанмуратов. Султанканова — более редкая и конкретная: она указывает не просто на «султана», а на конкретного человека с уменьшительным именем, что говорит о бытовом, неформальном прозвище. В документах XVIII–XIX веков такие имена часто фиксировались как Султанка, а при переходе в фамилию закрепились в форме на -ов. Других версий происхождения, например от географического названия, нет — корень однозначно антропонимический.