Фамилия Султанходжаев — составная, и её разбор даёт ключ к пониманию происхождения. Она образована от двух арабско-персидских компонентов: «султан» (араб. سلطان — правитель, владыка) и «ходжа» (перс. خواجه — господин, хозяин, а также почётное звание для купцов или потомков пророка Мухаммеда). На стыке основ соединительная гласная «о», а суффикс «-ев» указывает на русскую модель оформления фамилии, типичную для народов, вошедших в состав Российской империи в XIX—XX веках. Таким образом, фамилия буквально означает «сын (потомок) того, кого звали Султанходжа».

Скорее всего, основатель рода носил двойное имя или составное прозвище Султанходжа. В мусульманских культурах Средней Азии такие имена не были редкостью: первая часть подчёркивала знатность или власть, вторая — принадлежность к уважаемому сословию (ходжи считались потомками пророка или просто уважаемыми людьми, часто торговцами или духовными наставниками). Встречается вариант написания с «-ев» вместо «-ов» — это характерно для фамилий, которые фиксировались в документах через русскую канцелярию, где суффикс «-ев» присоединяли к основам на мягкий согласный или на «й» (как «ходжа»).

Географически фамилия Султанходжаев наиболее частотна в Узбекистане, Таджикистане и среди народов, родственных по языку и культуре (например, уйгуров). В дореволюционной России такие фамилии обычно получали представители зажиточных или духовных слоёв — купцы, муллы, землевладельцы, которые имели дело с русской администрацией. Происхождение из простых крестьян маловероятно, так как двойное имя с титулом «султан» и «ходжа» носило престижный характер.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс «-ев» указывает на отчество, здесь он выполняет скорее грамматическую функцию — адаптирует восточное имя к русской системе родства. В самой Средней Азии отчество могло звучать как Султанходжаевич, а фамилия как таковая появилась позже, при советском паспортном учёте. Поэтому Султанходжаев — это не столько «сын Султанходжи», сколько официальный документный вариант, закрепивший за родом имя предка.