Фамилия Султанходжаева — редкий пример, где в одной основе встретились два титула. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ, эта восходит к сложному восточному имени. Корень — «Султанходжа»: «султан» (араб. «властитель», «правитель») и «ходжа» (перс. «господин», «наставник», а также почётное звание для потомков пророка или крупных купцов). В Средней Азии такие двусоставные имена давали, чтобы подчеркнуть знатное происхождение или высокий социальный статус семьи. Человек с таким именем мог быть из среды духовенства, торговой верхушки или местной аристократии.

Модель образования — чисто русская. Суффикс -ев присоединили к основе «Султанходжа», а окончание -а указывает на женский вариант фамилии. В мужском роде будет Султанходжаев. Такая адаптация тюркских и персидских имён через суффикс принадлежности типична для регионов, где русская администрация фиксировала фамилии у мусульманского населения — в Средней Азии, Поволжье, на Кавказе. Фамилия не могла возникнуть раньше второй половины XIX века, когда начался массовый учёт нерусских народов.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Таджикистану и соседним областям. В России она встречается крайне редко, в основном у потомков переселенцев из этих республик. По сути, это патроним, застывший в виде фамилии: предка звали Султанходжой, и его дети стали Султанходжаевыми. Никакого отношения к реальному султану или ходже носитель фамилии может не иметь — имя давали как пожелание или в честь уважаемого святого.

Однокоренные фамилии в том же ареале — Султанов, Ходжаев, Султанмуратов. Но сочетание двух титулов в одной фамилии встречается реже, что делает Султанходжаеву маркером конкретной семейной традиции, а не массового обычая.