Фамилия Сусуйкин образована от прозвища Сусуйка. Спор о его происхождении сводится к двум основным версиям, и первая из них выглядит убедительнее.

Наиболее вероятно, что прозвище восходит к гидрониму Сусуя — так называется одна из двух крупнейших рек на южном Сахалине. Родоначальник Сусуйкиных, вполне вероятно, родился или долгое время жил на берегу этого водоема. Само название реки ведет начало от айнского слова «сусуя», то есть «проход к скалистому берегу». Айны — коренное население Сахалина и Курил, и их топонимика сохранилась во многих местных названиях. Человек, переселившийся с берегов Сусуи в другие края, легко получал прозвище по месту прежнего жительства: в русской традиции такие именования не были редкостью.

Вторая версия связывает прозвище со словом «суса», которое в переводе с персидского означает «шелковая и полушелковая полосатая ткань». Серебряная суса известна по халатам. В этом случае прозвище Сусуйка относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии. Исходя из этого, можно предположить, что родоначальник Сусуйкиных был либо портным, либо торговцем сусой. Однако эта гипотеза слабее: персидское заимствование в русских прозвищах встречается реже, чем привычные указания на географию или внешность, к тому же цепочка «суса — Сусуйка» требует дополнительных промежуточных звеньев.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна. Суффикс -к- в прозвище Сусуйка придавал ему уменьшительно-ласкательный или обиходный оттенок, а затем стандартный патронимический суффикс -ин закрепил за потомками значение «чей?» — сын, внук или более дальний потомок Сусуйки. Так прозвище Сусуя закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Сусуйкин. Таким образом, человек, предка которого звали Сусуйка, со временем получил фамилию Сусуйкин.

Фамилия редкая и локальная. Её география, скорее всего, связана с Дальним Востоком, откуда носители могли расселяться в другие регионы. В общероссийских справочниках фамилия не частотна, что типично для прозвищ, привязанных к конкретной местности. Сравните с однокоренными, но более распространенными фамилиями вроде Суслов или Сусанин: там основа иная, а вот Сусуйкин сохранил прямую связь с сахалинским гидронимом.