Фамилия Сысуйкин — яркий пример так называемых «полуотчеств» на -ин, которые в русской ономастике указывают на принадлежность конкретному человеку. Если фамилии на -ов/-ев чаще образовывались от прозвищ или названий профессий (Кузнецов, Попов), то суффикс -ин обычно крепился к основе, оканчивающейся на -а или -я. Здесь основа — Сысуйка, а это, в свою очередь, уменьшительная форма от крестильного имени Сысой.

Имя Сысой — это народная, упрощённая версия греческого имени Сисой (Σισώης). В святцах оно встречается редко, но на Руси, особенно в северных и центральных губерниях, было довольно распространено среди крестьян. От полного имени Сысой пошли фамилии Сысоев, Сысов, а вот Сысуйкин образовался от ласкательного прозвища Сысуйка — так в быту могли называть Сысоя, особенно если речь шла о ребёнке или младшем члене семьи.

Интересна словообразовательная цепочка: Сысой → Сысуй (форма, возникшая под влиянием других имён на -уй, вроде Андрей → Андрюй) → Сысуйка → Сысуйкин. Модель с двойным суффиксом (-уйк- + -ин) встречается нечасто и придаёт фамилии оттенок простонародности, «деревенского» звучания. Это не фамилия дворянского рода, а типичное крестьянское или мещанское прозвание, которое закрепилось за потомками конкретного Сысуйки, жившего, скорее всего, в XVI–XVII веках.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-востоку России. В переписях XIX века Сысуйкины чаще всего фиксировались в Вятской, Костромской и Пермской губерниях. В этих краях имя Сысой было особенно популярно — возможно, из-за почитания преподобного Сисоя Великого, хотя в народном сознании это имя часто связывали просто с простым, «своим» человеком. Так что предок носителя фамилии Сысуйкин — скорее всего, не боярин и не купец, а крестьянин или ремесленник, которого в округе знали по домашнему имени Сысуйка.