Фамилия Сыксина — женская форма фамилии Сыксин, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени. Основа фамилии — «Сыкс-», что сразу указывает на диалектное или редкое слово. Скорее всего, в основе лежит глагол «сыкать» или «сыкнуть», который в разных говорах означал «шипеть», «свистеть» или «издавать резкий звук». В некоторых северных и сибирских диалектах «сыка» — это прозвище человека с резким, шипящим голосом или того, кто любит шикать, успокаивать других. Таким образом, первый носитель фамилии, Сыкса, мог получить такое прозвище за манеру говорить или за характерный звук, который он издавал.

Суффикс «-ин» в фамилии Сыксин указывает на принадлежность: «чей?» — «сыксин», то есть сын или потомок Сыксы. Эта модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а, -я. В ономастике такие фамилии относят к «патронимическим» — они прямо говорят об отце: Сыкса — Сыксин — Сыксина.

Географически фамилия редкая и встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там диалектное слово «сыкать» было в ходу. Есть и другая, менее вероятная версия: что основа связана с финно-угорским субстратом (например, с коми-зырянским «сык» — «сок» или «сыктыс» — «смола»), но она слабо подтверждена, так как суффикс «-ина» в этом случае был бы нехарактерен для таких заимствований. Правдоподобнее всё же славянская диалектная основа.

Сословно фамилия Сыксина не указывает на дворянское происхождение — это крестьянская или мещанская фамилия. В документах XVIII–XIX веков Сыксины встречаются среди государственных крестьян и посадских людей. Не стоит искать в ней аристократического корня: перед нами прозвище, данное по живому признаку, что и делает её ценной для истории быта и языка.