Фамилия Сыникова — женская форма, её мужской вариант — Сыников. В основе лежит слово «сын», но не в прямом, а в уменьшительно-ласкательном или прозвищном значении. Сама модель образования указывает на то, что фамилия происходит от прозвища Сыник, а не от отчества. Если бы это было отчество от имени Сын, звучало бы как Сынович или Сынов, но суффикс -ик меняет смысл.

Сыник — это, скорее всего, прозвище младшего сына в семье, «малого сына», возможно, позднего или самого младшего ребёнка. В русских говорах слово «сын» в такой форме могло нести оттенок ласкательности, почти как «сынок». Другая, менее вероятная версия — связь с диалектным «сыник» (сыч, ночная птица), но это уже переосмысление, а не исходник. Фамилия редкая, нераспространённая, что говорит о её локальном характере: скорее всего, она возникла в одной из северных или центральных областей России, где были живы такие прозвищные формы.

По суффиксу -ов (в мужском варианте) фамилия относится к типичным русским фамилиям-притяжательным прилагательным: чей? — Сыников, то есть «сын Сыника». В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные модели описаны как «патронимические прозвища», где основа — не каноническое имя, а бытовое прозвище, закреплённое за родом.

Если искать параллели, то есть фамилия Сынов (от отчества), Сынушкин (от ласкательной формы), а Сыников стоит в ряду с такими, как Братиков, Дочкин — то есть образованных от названий родства, но не от имени, а от прозвищного обозначения младшего члена семьи. Носительница фамилии Сыникова, скорее всего, происходит из крестьянской или мещанской среды, где такие прозвища были обычны и не фиксировались в документах строго, а передавались по наследству уже как фамилия.