Фамилия Табунанова — редкий случай, когда её основа читается почти буквально, но это чтение обманчиво. На первый взгляд кажется, что перед нами женская форма от фамилии Табунанов, связанной со словом «табун» — конским стадом. Однако здесь интереснее суффиксальная модель. Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ов (в женском роде -а), но её корень уходит не в русское, а в тюркское слово.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское личное имя или прозвище Табунан. У тюркских народов (башкир, татар, казахов) «табун» означает не только стадо, но и общину, родственную группу, а также человека, который этим стадом управляет — табунщика. Имя Табунан могло означать «относящийся к табуну», «пастух коней» или даже «принадлежащий к роду Табун». В таком случае фамилия Табунанова — это русифицированная форма тюркского отчества: «сын (или дочь) Табунана». Суффикс -анов (-анан-) здесь необычен для русских фамилий и прямо указывает на иноязычное происхождение основы.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Табунан, данного человеку, который держал много лошадей или работал конюхом. Но в русской среде слово «табун» редко становилось основой для фамилий в такой форме — обычно появлялись Табунов, Табунщиков. Форма Табунанов с удвоенным «н» и суффиксом -ан- характерна именно для тюркских языков, где -ан — распространённый аффикс принадлежности.

Географически фамилия Табунанова встречается в Поволжье и на Южном Урале — в зоне активного смешения русского и тюркского населения. Носители фамилии, скорее всего, имеют башкирские или татарские корни, а сама фамилия закрепилась в русском варианте при переходе на фамильную систему в XIX веке. В женской форме Табунанова она сохраняет память о родовом прозвище предка-коневода, которое со временем утратило связь с реальной профессией и стало просто семейным именем.