Фамилия Такишев — один из тех случаев, где на первый план выходит не столько корень, сколько редкий суффикс. В русских фамилиях преобладают модели на -ов/-ев и -ин, а здесь мы видим суффикс -шев. Он встречается нечасто и обычно указывает на тюркское происхождение основы: в татарском, башкирском, казахском языках есть имена и прозвища, оканчивающиеся на -ш, к которым русское окончание фамилии приращивало именно -ев (а не -ов, потому что мягкая основа). То есть исходное имя или прозвище звучало как Такыш или Такиш.

Самая прямая версия — от тюркского мужского имени Такыш. В тюркских языках (особенно в татарском и башкирском) «такыш» означает «смыкание», «стык», а в переносном смысле — «дружба», «союз», «согласие». Имя могли дать ребёнку, родившемуся в семье после долгого ожидания или примирения враждовавших родственников — как символ соединения. Встречается и другая основа: «так» в тюркских языках — «один», «единственный», «ровня», и с уменьшительным аффиксом -ыш имя Такыш могло означать «единственный», «ровненький», то есть ласковое прозвище младшего или долгожданного сына.

Менее вероятная, но допустимая версия — от казахского или киргизского слова «такия» (тюбетейка, шапка). Прозвище Такиш могло означать «тот, кто носит тюбетейку» или «мастер по шитью тюбетеек». Однако фонетический переход от «такия» к «Такиш» неочевиден и требует дополнительных промежуточных форм, поэтому эта гипотеза слабее.

Географически фамилия Такишев тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается также у казахов, но реже. В дореволюционных документах фамилия фиксируется в основном среди крестьян и мещан, что типично для поздних русских фамилий тюркского происхождения: они массово оформлялись в XIX веке, когда крепостные и государственные крестьяне получали фамилии по имени отца или деда.

Однокоренные фамилии — Такишев, Такишов (встречается реже, с твёрдым суффиксом), а также Такышев — вариант с твёрдым произношением корня, характерный для казахской среды. В русской среде закрепился именно мягкий вариант Такишев, что лишний раз подтверждает адаптацию тюркского имени через русскую морфологию.