Фамилия Таухан — редкий случай, когда прозвище или имя не приращивали русский суффикс, а вошли в обиход почти в исходном виде. В ней нет ни типичного -ов, ни -ин, ни -ский, и это сразу указывает на её позднее закрепление или на тюркские корни носителей. Скорее всего, перед нами фамилия, сложившаяся в среде поволжских татар, башкир или казахов, где личные имена и прозвища часто переходили в фамилии без изменений.

Основа «Таухан» распадается на две части: «тау» и «хан». В тюркских языках «тау» — гора. «Хан» — титул правителя, вождя, но в составе личных имён он часто служил компонентом со значением «господин», «владыка» или просто почётным добавлением. Прямое значение — «горный хан», «властелин гор». Однако вряд ли предок носителя был реальным правителем. Скорее, это прозвище: так могли назвать человека, жившего в горах, или того, кто отличался суровым, непреклонным нравом, «как гора». В кочевой и полукочевой среде прозвища, связанные с силой и природой, были обычны.

Другая, менее вероятная версия — что «Таухан» это искажённое арабское имя Тауфик (Тауфык) с добавлением «хан» для благозвучия, но такое объяснение слабее: имя Тауфик и так полноценно, а «гора» в корне «тау» слишком очевидна для тюркского уха.

Фамилия почти не встречается за пределами тюркоязычных регионов России и стран Средней Азии. В русских архивных документах XVII–XIX веков она не фиксируется, что подтверждает её относительно позднее оформление — в XIX — начале XX века, когда у нерусских народов империи начали массово записывать фамилии по отчеству или прозвищу. Сословно предки Тауханов, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами.

Однокоренные фамилии — Таубаев, Таушев, Таутиев — тоже держатся на основе «тау», но каждая по-своему: с суффиксами -бай (богатый), -ш, -ти. Таухан стоит особняком: нет суффикса, нет русификации, есть прямое прозвище-титул, которое и стало родовым именем.