Фамилия Темнышев — редкий пример того, как прозвище, а не крестильное имя, легло в основу родового именования. В её основе лежит прозвище Темныш, которое образовано от прилагательного «тёмный». Модель здесь простая и прозрачная: основа «темн-» + уменьшительно-ласкательный суффикс «-ыш», который в русских прозвищах часто указывал на носителя характерного признака (сравните: Малыш, Голыш, Крепыш). Суффикс «-ев» в окончании фамилии — это стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность потомку человека по прозвищу Темныш.

Значение слова «тёмный» в старину было гораздо шире, чем сегодня. Оно включало сразу несколько смысловых пластов. Первый и самый очевидный — внешность: смуглая кожа, тёмные волосы или глаза. Второй — характер: так могли назвать человека задумчивого, хмурого, нелюдимого или, наоборот, скрытного и осторожного, того, кто «себе на уме». Третий пласт — социальный: «тёмным» называли неграмотного, невежественного человека, и в этом смысле прозвище могло отражать сословную принадлежность предка, ведь грамота среди крестьянства была редкостью.

Отдельного внимания заслуживает «охранительная» версия происхождения. На Руси тёмным называли всё плохое, страшное и неизведанное, поэтому имя-оберег Темныш могло даваться ребёнку намеренно. Родители, желая уберечь сына от сглаза и злых сил, называли его заведомо «некрасиво», надеясь, что злые духи не позарятся на такого ребёнка. По этой логике, назвав мальчика Темнышем, семья как бы откупалась от беды, а в реальности желала ему вырасти красивым, здоровым и счастливым. Такая практика была широко распространена в дохристианской и раннехристианской традиции, и прозвище в этом случае выполняло роль оберега, закрепляясь за человеком как основное бытовое именование.

Со временем прозвище Темныш утратило связь с первоначальным смыслом и перешло в разряд фамильных прозваний. Потомки человека, которого так прозвали, получили фамилию Темнышевы. Сказать точно, какое из значений — внешность, характер или оберег — сработало в каждом конкретном случае, уже невозможно, но все три версии имеют равное право на существование, и каждая по-своему объясняет, почему за человеком закрепилось такое именование.