Фамилия Тогакова — женская форма мужской фамилии Тогаков. Её основа, скорее всего, тюркского происхождения. Вряд ли это случайное совпадение: суффикс -ак, -ек характерен для многих тюркских языков (татарского, башкирского, казахского), где он придаёт слову уменьшительный или ласкательный оттенок. Исходное слово могло быть личным именем или прозвищем Тогак (или Тогак), образованным от корня «тог» — в тюркских языках это «рождаться», «восходить» (например, о солнце) или «знамя», «бунчук». Так могли назвать ребёнка, родившегося на рассвете или в день какого-то знаменательного события, либо человека, носившего прозвище по атрибуту воинской или родовой знати — знамени.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским словом «тогак» (или «тогакать») — подражательным глаголом, означающим стук или невнятную речь. Однако ареал бытования фамилии указывает на южные и восточные регионы России, где тюркское влияние традиционно сильно: Зауралье, Оренбуржье, Татарстан, Башкирия. Там фамилия встречается заметно чаще, чем в центральной России. Поэтому версия с тюркским личным именем или прозвищем — основная.

Русский суффикс -ов (в женской форме -ова) присоединили к основе при переходе фамилии в русскую антропонимическую систему, скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам и инородцам массово давали фамилии по отцу. Таким образом, Тогаков — это «сын Тогака» или «потомок Тогака». Первым носителем мог быть человек, которого в округе знали по прозвищу Тогак — возможно, за характер, внешность или обстоятельства рождения.

Сословная принадлежность предков не определяется однозначно. Фамилия могла возникнуть как у государственных крестьян Поволжья, так и у казаков Оренбургского войска, где активно смешивались русские и тюркские элементы. Однозначно можно сказать лишь то, что фамилия недворянская и нестарая — её формирование относится к позднему, массовому этапу, когда фамилии давали по отцу или деду, без привязки к землевладению.