Фамилия Тогатаев образована от именования Тогатай, которое, предположительно, восходит к аналогичному названию казахского рода. Соответственно, такое именование мог получить представитель этого рода. Возможно, что именование Тогатай восходит к казахскому слову «тога» со значением «крючок», «пряжка», «бляха на узде». Таким образом, потомок человека, которого звали Тогатай, со временем получил фамилию Тогатаев.