Фамилия Толонин — одна из тех, где на первый взгляд очевидный корень может оказаться ловушкой. Если попытаться связать её с глаголом «толочь» (толочь зерно, толочься в толпе), то на пути встаёт суффикс. В русских фамилиях отглагольные прозвища обычно оформляются суффиксами -к- или -л-: Толкач, Толкун, Толоконников. А здесь мы видим -он-ин, что указывает на другую природу.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Толоня или Толона. Такие имена с окончанием на -оня характерны для северных и центральных говоров: Бормоня, Вергоня, Толоня. Что могло значить это прозвище? Самая рабочая версия — связь с диалектным словом «толон» или «толонь». В архангельских, вятских, пермских говорах «толон» — это выгон, пастбище, толока (место, где пасут скот, или сам выпас). Соответственно, Толоня — человек, который пасёт общественное стадо, пастух на толоке. Либо, реже, человек, живший на выгоне, за околицей.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Толонин, то есть сын Толони, потомок пастуха или жителя околицы. Фамилия недворянская, крестьянская или посадская, и географически она действительно тяготеет к Русскому Северу и Приуралью. Встречается в Вологодской, Кировской областях, а также в Пермском крае — как раз там, где слово «толон» было в ходу.

Есть и более редкая, но допустимая версия: от канонического имени Анатолий в его народной, усечённой форме — Толоня. В бытовой речи длинные имена часто «обрубали»: Анатолий — Толя — Толоня. Тогда Толонин — «внук Толони», то есть Анатолия. Эта версия слабее, потому что от Толи обычно образовывали фамилии Толин, а Толонин — более архаичная, «деревенская» форма, которая могла закрепиться в XVI–XVII веках, когда имя Анатолий было ещё редким среди крестьян.

В любом случае фамилия Толонин несёт отпечаток севернорусского быта и диалекта. Её носитель в прошлом — либо пастух на общинном выгоне, либо человек, получивший уличное прозвище по месту жительства. Написание с одной «л» (не Толлонин) подтверждает, что корень не связан с иноязычными заимствованиями или удвоением — перед нами чисто русская, почвенная фамилия.