Фамилия Томахов — одна из тех, что ставит перед исследователем задачу: что в основе — имя или прозвище? Словообразовательная модель простая и прозрачная: суффикс -ов, типичный для русских фамилий, указывающий на принадлежность («чей?» — сын или потомок Томаха). А вот имя Томах — это уже загадка.

Самая вероятная версия: Томах — это обиходная, разговорная форма крестильного имени Фома. В русской народной традиции имена часто укорачивали и переделывали, добавляя суффиксы -ах, -ох, -ух. Фома легко превращался в Фомах, а с учётом аканья (произношения «о» как «а» в безударном положении) — в Томаха. Так что по этой гипотезе предок носителя фамилии Томахов — человек по имени Фома. Фамилии от Фомы встречаются часто (Фомин, Фомкин, Фомичёв), но форма Томахов — редкий вариант, сохранивший следы живого произношения.

Есть и другая, менее распространённая версия: связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках слово «томак» или «томах» означало «ком», «шар», «клубок» или даже «тупой конец». Прозвище Томах могли дать человеку за круглую фигуру, за привычку сворачиваться калачиком или за какую-то особенность в работе. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, фамилия Томахов не характерна для регионов с сильным тюркским влиянием (например, Поволжья или Кавказа), во-вторых, модель образования через суффикс -ов типична для русских, а не для тюркских фамилий. Поэтому версия с именем Фома выглядит предпочтительнее.

Фамилия Томахов — редкая. Встречается она преимущественно в центральных областях России, а также у старообрядцев, которые иногда сохраняли архаичные формы имён. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не даёт намёков на дворянство или духовенство — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде простых людей, где имя Фома было обычным, а его народная форма Томах — устоявшейся.