Фамилия Томковская — женская форма фамилии Томковский, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ская указывает на типичную модель польских и западных русских дворянских фамилий, образованных от названий местностей. В России такие фамилии часто носили выходцы из шляхты или духовенства, но со временем они распространились и среди других сословий.

Основа фамилии — Томк-, восходящая к польскому уменьшительному имени Томек (Tomka), которое является формой от Томаш (русский аналог — Фома). Таким образом, Томковский — это «тот, кто родом из владений или из семьи Томка». В польской ономастике суффикс -овский/-евский типичен для фамилий, образованных от имени владельца поместья или названия деревни (например, Томковице). В русском контексте фамилия могла появиться через переселенцев из Речи Посполитой или через православное духовенство, которое часто получало фамилии на -ский по названию прихода.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с топонимом Томково или Томковка. Такие названия встречаются в Беларуси и на западе России (например, деревня Томково в Смоленской области). В этом случае Томковский — «выходец из Томково», и фамилия фиксирует географическое происхождение рода.

Интересно, что в отличие от более частых фамилий на -ов/-ин, Томковская — редкая и чётко маркированная как польская или западнорусская. Она не имеет отношения к сибирскому городу Томску: там суффикс был бы Томский. Социально носители такой фамилии в XIX веке чаще принадлежали к мелкопоместному дворянству или городским мещанам западных губерний, а не к крестьянству.