Фамилия Тонконогий хранит память о прозвище или мирском имени дальнего предка. В первом случае в основе лежит словосочетание «тонкие ноги», которое указывает на внешние особенности человека. Таких составных фамилий, описывающих ноги и походку, в русском ономастиконе немало: Долгоногов, Куценогий, Толстоног, Косоногов, Колченогов, Тихоходов.

Но есть и вторая версия, не менее правдоподобная. Тонконогом в народе называли некоторые злаки с тонкими высокими стеблями. Если фамилия восходит к мирскому имени, родители давали ребёнку имя Тонконогий в надежде, что природа воспримет его как своего и передаст ему полезные качества растения — выносливость и гибкость. Такая практика была распространена у восточных славян: имя-оберег должно было защитить младенца от злых сил.

Сама фамилия застыла в форме краткого прилагательного, что типично для прозвищ, которые осмысливались как характеристика человека. Со временем она закрепилась за родом и передавалась из поколения в поколение, превратившись в ценное свидетельство семейной истории.