Фамилия Тонконогова происходит от прозвища Тонконогий, которое давали человеку с худыми, стройными ногами. Прозвища, описывающие внешность, были широко распространены на Руси: они помогали отличить одного человека от другого в деревне, где многие носили одинаковые имена. Потомки этого человека со временем закрепили за собой фамилию Тонконоговы, а женская форма Тонконогова указывает на принадлежность к этому роду.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа прилагательного «тонконогий» плюс патронимический суффикс -ов, который буквально означает «сын Тонконогого». Такая схема типична для большинства русских фамилий, образованных от прозвищ. Интересно, что в данном случае фамилия сохранила не уменьшительную, а полную форму прозвища, что говорит о его устойчивости и, возможно, о том, что оно носило не насмешливый, а скорее описательный характер.

Тонконогова входит в обширный пласт русских «телесных» фамилий, которые фиксировали особенности фигуры или походки. Рядом с ней стоят Долгоногов, Косоногов, Толстопятов, Колченогов, а также фамилии, описывающие руки, — Косоруков, Беспалов. Бросается в глаза, что большинство таких прозвищ носили ироничный оттенок: Толстоног или Косолапов звучат как насмешка. Тонконогий в этом ряду стоит особняком — в нем нет явного укора, скорее констатация факта. Возможно, прозвище отражало не просто худобу, а быстроту и легкость человека, ведь «тонконогий» в народной речи иногда означало «проворный, резвый».

Встречаются и более редкие варианты фамилии — Тонконог, Тонконожкин, Тонконогов. Форма Тонконогова, с ударением на третьем слоге, наиболее распространена в южнорусских и украинских говорах, где прилагательные с двумя основами часто переходили в фамилии без изменений. В северных регионах чаще фиксировали Тонконогова через суффикс -ин, но вариант с -ов остался доминирующим.

Точных сведений о конкретном родоначальнике фамилии нет, и в этом нет ничего необычного: прозвища такого типа возникали стихийно в разных местах независимо друг от друга. Поэтому Тонконоговы могли появиться одновременно в нескольких губерниях, и каждая ветвь ведет свою отдельную историю. В архивных документах XVII–XVIII веков фамилия встречается среди крестьян и посадских людей, что типично для прозвищ, связанных с внешностью, — они редко закреплялись за дворянством, которое чаще брало фамилии от земель или имен.