Фамилия Тонконогова образована от прозвища Тонконогий, в основе которого лежит словосочетание «тонкие ноги». Таким образом, оно указывает на определенные внешние особенности предка. Среди составных фамилий немало таких, которые описывают ноги и походку: Долгоногов, Доброноженко, Куценогий, Толстоног, Толстопятов, Косоногов, Косолапов, Колченогов, Тихоходов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Тонконогий, со временем получил фамилию Тонконогова.