Фамилия Топунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Топунов образована от прозвища Топун, которое восходит к глаголу «топать». Вероятно, Топуном нарекали человека, который при ходьбе сильно топал. Однако, не исключено, что так могли прозвать нерешительного человека. В таком случае с прозвищем связан фразеологизм «топтаться на месте». Тогда прозвище Топтун указывало на черты характера его носителя. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Топун, со временем получил фамилию Топунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Топунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Топунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.