Фамилия Трахинина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Трахинин. Она образована по простой и распространенной модели: к основе мужской фамилии (Трахинин) добавили окончание -а, указывающее на принадлежность женщине (жене или дочери Трахинина). В русской традиции такие фамилии закрепились за женщинами еще в XIX веке и до сих пор остаются нормой.

Мужской вариант Трахинин — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на родство или принадлежность: «чей?» — Трахинин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Трахиня. Само прозвище Трахиня, скорее всего, восходит к глаголу «трахать» или существительному «трах» в одном из его старых значений. В диалектах и просторечии XIX века «трахать» могло означать «стучать, колотить, бить» (ср. «трахнуть кулаком по столу»). Соответственно, Трахиней могли прозвать шумного, грубоватого человека, любителя постучать или того, кто работал с молотком, например, кузнеца или плотника. В этом же ряду стоят фамилии Трахин, Трахов, Траханов, но Трахинин выделяется именно суффиксом -ин, который часто встречается в северных и центральных губерниях России.

Версия о связи с украинским или белорусским «трах» (в значении «хворост, сучья») менее вероятна: фамилия Трахинин звучит как типично русская, а суффикс -ин указывает на великорусскую зону формирования. Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных областях России и в Сибири, куда переселенцы уходили в XIX–XX веках. Среди носителей нет громких исторических фигур, что подтверждает её народное, крестьянское или мещанское происхождение: Трахинины — потомки простых людей, получивших прозвище за манеру поведения или занятие.