Фамилия Трефилкина — женская форма фамилии Трефилкин, и её основа, как ни странно, почти наверняка связана не с каким-то ремеслом или качеством человека, а с именем, точнее — с его просторечным вариантом. В основе лежит имя Трефил. Это народная, «бытовая» форма церковного имени Трифон (от греческого «трифеон» — «нежный», «роскошный»). В русских говорах, где любили упрощать и переставлять звуки, Трифон превращался в Трефила, а уменьшительно-ласкательные формы звучали как Трефилко.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Трефилкин буквально значит «сын Трефилки» или «человек из рода Трефилки». Такая модель образования (от прозвищной или уменьшительной формы имени) — одна из самых массовых в русской ономастике, особенно в северных и центральных губерниях. Модель простая, но именно она даёт ключ: предок носительницы фамилии был, скорее всего, обычным крестьянином или посадским человеком, которого в быту звали не полным именем, а домашним Трефилко.

Интересно, что фамилия Трефилкин встречается в основном в Поволжье и на северо-западе России, что совпадает с ареалом бытования имени Трифон в его просторечных формах. В некоторых переписях XIX века можно найти крестьян с фамилией Трефилкин в Нижегородской и Костромской губерниях. Редкая огласовка (через «е», а не через «и») отличает её от более распространённых Трифоновых и Трифанкиных, делая фамилию локальным маркером: если вы встретили Трефилкина, велика вероятность, что его корни — из тех мест, где «акали» и переставляли звуки.

Других версий, вроде связи с греческим «трефо» (кормить) или с каким-то утраченным прозвищем, ономастика не поддерживает — слишком уж очевидна и устойчива цепочка: Трифон → Трефил → Трефилко → Трефилкин.