Фамилия Трефилова напрямую связана с крестильным именем Трифилий. В переводе с древнегреческого оно означает «трилистник». В русской повседневной речи это имя, довольно редкое и книжное, быстро адаптировали на свой лад: так появилась простая и удобная форма Трефил. Именно она и легла в основу фамилии по модели, типичной для русских отчеств: Трефилов — сын Трефила, потомок человека с этим именем.

Церковный календарь связывает это имя со святителем Трифилием, епископом Левкуссии Кипрской. Жил он в IV веке, славился образованностью и ученостью, а в истории церкви остался как один из ярких учеников святителя Спиридона Тримифунтского. Наличие такого покровителя делало имя вполне уважаемым, но в России оно никогда не было частым. Поэтому и фамилия, от него образованная, встречается не повсеместно, а имеет довольно локальный характер.

Суффикс -ов указывает на принадлежность, и это стандартный способ образования русских фамилий от имен, оканчивающихся на твердый согласный. Форма Трефилова — это женский вариант фамилии, сохраняющий ту же основу. Скорее всего, основатель рода был человеком простого звания: крестильное имя в его уменьшительной, «народной» форме обычно закреплялось за крестьянами или посадскими людьми, а не за дворянами, которые чаще использовали полную форму имени.

Существует и альтернативная версия, выводящая фамилию из польского слова trefle — «трефы», то есть карточная масть. Согласно этой гипотезе, прозвище Трефил мог получить заядлый картежник. Однако эта версия выглядит явно натянутой: слишком велико фонетическое и смысловое расстояние между карточным термином и русским именем. Правдоподобнее выглядит именно именная основа, тем более что имя Трифилий действительно существовало в святцах и давалось при крещении.

Среди известных носителей фамилии выделяется Андрей Викторович Трефилов, родившийся в 1969 году. Он профессиональный хоккеист, выступавший на позиции вратаря. Его карьера пришлась на рубеж 1980–1990-х годов, и он входит в число тех спортсменов, кто сделал фамилию узнаваемой за пределами узкого семейного круга. Впрочем, для большинства носителей фамилии важнее другое: их родовая история уходит корнями в ту эпоху, когда имя Трифилий, означающее скромный полевой цветок — трилистник, звучало как напоминание о христианском смирении и простоте.