Фамилия Трефильев — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а его народная, «просторечная» форма. Она образована от крестильного имени Трефилий (от греческого «Трифиллий», что означает «трилистник» или «трижды цветущий»). В русской бытовой традиции такие длинные и неудобные для произношения имена сокращали: Трефилий превращался в Трефила, а тот — в просторечное Трефиль. От этого-то Трефиля и пошла фамилия через стандартный патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы). То есть Трефильев — буквально «сын Трефиля».

Интересно, что имя Трефилий в святцах было, но встречалось нечасто. В основном его давали в крестьянской и мещанской среде, где не гнались за редкозвучными вариантами, а брали то, что «на слуху». Поэтому фамилия Трефильев — это маркер не столько географический, сколько социальный: она почти наверняка указывает на непривилегированное происхождение (крестьяне или посадские люди) из центральных или северных губерний России, где такие имена держались дольше всего.

С точки зрения словообразования, здесь нет ничего сложного: основа (Трефиль) + суффикс принадлежности (-ев). Но есть одна деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков других на -ев. В отличие от, скажем, Трофимов (от Трофим) или Панфилов (от Панфил), фамилия Трефильев сохранила в основе именно разговорную, «обрусевшую» форму с мягким знаком. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в письменных источниках (например, в переписных книгах) именно в том виде, как её произносили сами носители, без попыток «исправить» на книжное Трефилиев. Такое встречается нечасто — обычно церковные писцы или чиновники старались привести фамилию к более строгому каноническому виду.

Сегодня фамилия Трефильев редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центральных губерний. Если вы носите эту фамилию, скорее всего, ваш предок был обычным крестьянином или ремесленником, которого в церковных записях записали не по святому имени, а так, как звали в деревне — Трефиль.