Фамилия Трефилин ведет начало от имени или прозвища Трефил. Чаще всего основой служило каноническое мужское имя Трифилий, которое в переводе с греческого означает «трилистник». В русской разговорной среде это имя, неудобное для повседневного произношения, быстро редуцировалось до простой формы Трефил. Так что предок носителей фамилии, скорее всего, был крещён Трифилием, а в быту звался Трефилом. Потомки этого человека и получили фамилию Трефилин по стандартной модели: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?», то есть «сын Трефила».

Существует и альтернативная, менее правдоподобная версия, которая выводит фамилию из польско-белорусской среды. Согласно ей, в основе лежит польское trefle — «трефы», то есть карточная масть. В этом случае прозвище Трефил мог получить заядлый картежник, и фамилия закрепилась бы за его потомками. Однако эта гипотеза выглядит слабее: слишком уж распространена на Руси была традиция переделывать редкие церковные имена в более удобные формы, а вот прозвища по карточным мастям встречаются значительно реже и не дали такого количества устойчивых фамилий. Поэтому версия с именем Трифилий выглядит предпочтительнее.

Интересно, что имя Трифилий, давшее начало фамилии, в святцах встречается, но широкого распространения не получило. Это делает фамилию Трефилин относительно редкой и привязанной к конкретным родам, а не к массовому пласту населения. Сам суффикс -ин типичен для северных и центральных русских земель, где фамилии часто образовывались от просторечных форм имен. Так что Трефилины — это потомки человека, которого в документах могли записать и как Трифилия, и как Трефила, но в памяти родни он остался именно Трефилом.