Фамилия Трефилин ведет начало от канонического мужского имени Трифилий. В переводе с греческого оно означает «трилистник». Это имя носил святой Трифилий, епископ Левкусии Кипрской, живший в IV веке и почитаемый как в православной, так и в католической традиции. В русской разговорной среде имя прижилось в упрощенной форме Трефил — так называли мальчиков в крестьянской и посадской среде, где полные церковные формы нередко укорачивали для удобства произношения.

Мирское имя Трефил и стало основой фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Трефилин буквально значит «сын Трефила», «ребенок Трефила». Такая модель образования фамилий — от личного имени отца через притяжательное прилагательное — одна из самых распространенных в русской ономастике. Похожим образом появились Трифонов, Трофимов, Терентьев: все они восходят к греческим именам, которые в народной речи меняли звучание.

Существует и вторая, менее правдоподобная версия, выводящая фамилию из польско-белорусской среды. Согласно ей, в основе лежит польское trefle — «трефы», карточная масть. Тогда Трефилом прозвали заядлого картежника. Однако эта гипотеза не выдерживает критики: во-первых, прозвище по масти — редкость, во-вторых, имя Трифилий было хорошо известно на Руси задолго до того, как карточные игры получили распространение. Версия с именем выглядит куда естественнее и подкрепляется массовостью подобных фамилий от церковных имен.

Интересная деталь: форма Трефил, а не Трифил, отражает живую народную этимологию. Звук «и» в безударной позиции редуцировался, а под влиянием акающих говоров имя приобрело привычное для русского уха «е». Та же участь постигла многие греческие имена: Трофим, Тихон, Мирон — все они в народной речи звучали иначе, чем в святцах.

Точное место и время возникновения фамилии Трефилин установить сложно. Процесс закрепления фамилий у разных сословий растянулся на столетия: у знати — с XIV–XV веков, у крестьян — вплоть до отмены крепостного права. Но сама фамилия — живое свидетельство того, как церковное имя, пройдя через народное произношение, закрепилось в родовом прозвании. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где притяжательные фамилии на -ин особенно частотны.