Фамилия Трефилин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Трефилин послужило мирское имя Трефил. Фамилия Трефилин образована от канонического мужского имени Трифилий, которое в переводе с греческого означает «трилистник». В русской разговорной речи оно приняло форму Трефил. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия имеет польско-белорусский источник: она происходит от польского trefle – «трефы» (карточная игра). В таком случае предок обладателя этой фамилии был карточным игроком, за что и получил прозвища Трефил. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Трефил, со временем получил фамилию Трефилин. О точном месте и времени возникновения фамилии Трефилин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Трефилин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.