Фамилия Трифильцев — редкий случай, когда корень слова почти наверняка указывает на духовное сословие. В её основе лежит каноническое имя Трифиллий (от греческого «трифиллион» — трилистник, клевер). В святцах это имя носил епископ Левкуссийский Трифиллий, почитаемый как святой. В русской бытовой традиции полное церковное имя сократили до обиходной формы Трифиль, а от неё уже образовали фамилию с типичным русским патронимическим суффиксом -ев: Трифиль + ев = Трифильцев. Буква «ц» в суффиксе — результат фонетического смягчения: фамилии на -ев часто давали окончание -цев, если основа оканчивалась на мягкий согласный (сравните: Иван → Иванов, но Трифиль → Трифильцев).

Словообразовательная цепочка здесь прозрачна: имя Трифиллий → разговорное Трифиль → фамилия Трифильцев. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде духовенства в XVII–XIX веках. Семинаристы и священники нередко получали фамилии от имён святых, причём не напрямую, а через уменьшительно-бытовую форму. В отличие от крестьянских фамилий, которые чаще образовывались от прозвищ или названий ремёсел, «Трифильцев» — это фамилия-патроним, указывающая на предка по имени Трифиль. Сам предок, скорее всего, был либо священнослужителем, либо выходцем из семьи, где имя давали в честь святого — то есть из среды, близкой к церкви.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, с некоторым скоплением в Ростовской области и Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает гипотезу о семинарском происхождении: духовные учебные заведения в XIX веке были распространены именно в этих регионах, и выпускники часто оседали на местах службы.

Единственная альтернативная версия — от прозвища Трифиль, которое могло быть образовано от глагола «трифить» (в некоторых говорах — болтать, пустословить), но она маловероятна. Во-первых, глагол этот крайне редок и не зафиксирован в словарях как основа для устойчивых прозвищ. Во-вторых, церковное имя Трифиллий даёт прямое и простое объяснение, не требующее натяжек. Так что в случае с Трифильцевым корни уходят не в бытовую шутку, а в святцы и, вероятно, в историю русской церковной школы.