Фамилия Трифилов образована от крестильного имени Трифилий (греч. Трифиллиос — «трилистник»). В русской традиции это имя встречалось редко, в основном в среде духовенства: его давали в честь святого Трифилия, епископа Левкуссийского (IV век). От полной формы имени через суффикс -ов возникла фамилия Трифилов, а от уменьшительных вариантов — Трифильев, Трифонов (хотя последнее чаще связывают с именем Трифон).

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, закрепившуюся в XVI–XVII веках: к основе имени или прозвища добавляли притяжательное окончание, отвечавшее на вопрос «чей?». Трифилов буквально значило «сын Трифилия». В документах фамилия встречается с XVIII века, преимущественно в центральных и южных губерниях — Курской, Орловской, Тамбовской. Реже фиксируется вариант Трифиллов с удвоенной «л», но он мог возникнуть под влиянием украинского или польского произношения.

Интересная деталь: в отличие от массовых фамилий на -ов (Иванов, Петров), Трифилов сохранила связь с редким каноническим именем. Это значит, что предки носителя, скорее всего, были либо из церковной среды, либо из крестьян, получивших имя по святцам в честь малоизвестного святого. В XIX веке фамилия нередко встречалась среди однодворцев — потомков служилых людей, живших на южных рубежах России. Спорных версий происхождения у фамилии нет: основа прозрачна, а альтернативные толкования (от греч. «трифилос» — «трижды любимый») остаются лишь предположениями без документальных подтверждений.