Фамилия Трифилова — женская форма фамилии Трифилов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В русских фамилиях на -ов/-ев обычно скрывается имя предка, прозвище или профессия, но в основе Трифилова лежит довольно редкое имя канонического происхождения. Речь о крестильном имени Трифиллий (от греческого «трифиллион» — трилистник). Это имя встречалось в святцах, но никогда не было массовым; его давали в церковной среде или в семьях, чтивших малоизвестных святых. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын того, кого звали Трифилл» или «из рода Трифилловых». Со временем имя превратилось в прозвище, а затем в фамилию.

Можно разобрать и иначе: в народной речи имя Трифиллий часто сокращали до Трифил или вовсе переосмысляли как Трефил. Отсюда появляется версия, что Трифилов — вариант фамилии Трефилов, которая образована от просторечной формы того же имени. В таком случае Трифилова — не самостоятельная основа, а фонетический дублет, закрепившийся в письменности. Разница в написании могла возникнуть из-за местных говоров: в одних регионах «е» переходило в «и» (еканье или иканье), в других — сохранялось.

Географически фамилия Трифилова встречается редко, но её очаги заметны в центральной России и Поволжье. Там, где имя Трифиллий было известно по местным приходам или почитанию святого Трифиллия, фамилия могла возникнуть независимо в нескольких сёлах. По сословной принадлежности предки Трифиловых — скорее всего, крестьяне или духовенство. В среде священников греческие имена давали чаще, чем в крестьянской среде, поэтому версия о церковном происхождении основы выглядит убедительнее.

В ономастических справочниках фамилию Трифилов нередко сближают с Трефиловым и Трифоновым, но это разные корни. Трифонов — от имени Трифон, а Трифилов — от Трифиллия. Смешение возможно, но для этимолога разница принципиальна: первая основа — греческое «трифо» (нежность), вторая — «трифиллион» (трилистник). Таким образом, фамилия Трифилова указывает на предка, носившего редкое календарное имя, которое в быту сократили и записали на слух.