Основой фамилии Трифилин послужило мирское имя Трифил. Фамилия Трифилин образована от канонического мужского имени Трифилий, которое в переводе с греческого означает «трилистник». В русской разговорной речи оно приняло форму Трифил. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Трифил, со временем получил фамилию Трифилин.