Фамилия Трифиленков — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, звучит как иноязычное заимствование, но на деле оказывается результатом народной переработки. Если отбросить патронимический суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Трифиленка), то в корне остаётся Трифиленко. А это уже классическая украинская модель фамилии на -енко, которая в русской среде обрусела, добавив окончание -ов. То есть перед нами не столько русская фамилия в чистом виде, сколько адаптированная южнорусская или малороссийская.

Самая правдоподобная версия происхождения основы — от канонического имени Трифиллий (греч. Τριφύλλιος, от τρίφυλλον — «трилистник»). В просторечии это имя упрощали до Трифил, Трифилка, а далее по украинской модели образовали Трифиленко — «маленький Трифил», «сын Трифила». Ударение в фамилии закономерно падает на третий слог: Трифиле́нков. Имя Трифиллий встречалось в святцах, но было редким, поэтому и фамилия получилась штучной, нераспространённой.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с греческим словом «трифил» (трилистник) как прозвищем по внешности или привычке. Однако для прозвищ на Руси чаще брали бытовые, понятные названия, а не книжные греческие корни. Поэтому версия с крестильным именем выглядит убедительнее.

В сословном плане носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан — фамилии на -енко в XVII–XVIII веках активно формировались в среде казачества и сельского населения Левобережной Украины. После переселения части малороссов в центральные губернии России фамилия обросла русским суффиксом -ов, что и закрепилось в документах.

Географически фамилия Трифиленков — большая редкость, она не входит в списки частых русских фамилий. Встречается точечно, в основном в центральной России и Поволжье, куда в XIX веке мигрировали выходцы с Украины. Если сравнивать с однокоренными — Трифилов, Трифильев, Трифиленко — то вариант с -енков самый поздний по образованию и самый редкий.

Таким образом, человек с фамилией Трифиленков может с высокой долей уверенности считать, что его предок носил редкое церковное имя Трифиллий, был выходцем с украинских земель, а сама фамилия — живой след того, как южнорусская традиция именования влилась в общерусскую.