Фамилия Трихункова — женская форма фамилии Трихунков. Её основа — прозвище или неканоническое имя Трихун. В русской ономастике это редкий случай, когда в основе лежит числительное «три» с суффиксальным расширением. Словообразовательная модель проста: корень «три-», суффикс «-хун» (или «-ун» с наращением «х») и далее типичный русский патронимический суффикс «-ов» (в мужском варианте) или «-ова» (в женском).

Самая прямая версия — прозвище Трихун давали третьему ребёнку в семье. В крестьянской среде, где детей нумеровали по порядку рождения (Первак, Вторак, Третьяк), вариант с «хун» мог возникнуть как диалектное или уменьшительно-ласкательное образование. Суффикс «-ун» в русских прозвищах часто придаёт экспрессивный оттенок (крикун, молчун), а «х» могло появиться как вставной звук для благозвучия — «Трихун» вместо «Триун». В говорах рязанской, тамбовской и воронежской групп фиксируются формы «трехун», «трихун» в значении «третий по счёту».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «трехать» (диалектное: стучать, колотить) или «трихать» (трясти, качать). В таком случае Трихун — прозвище суетливого, беспокойного человека или, наоборот, плотника по дереву. Однако числовая версия выглядит убедительнее: она вписывается в архаичную русскую традицию именования по очерёдности рождения, которая дала сотни фамилий вроде Третьяков, Шестаков, Девятов.

Фамилия Трихункова — не дворянская и не купеческая. Скорее всего, она возникла в среде крестьян или однодворцев южнорусских губерний. В дореволюционных метрических книгах Трихунковы встречаются в основном в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях. Это подтверждает географию: именно там была распространена система «порядковых» прозвищ, и именно там суффикс «-ун» в фамилиях встречается чаще, чем на севере России.

Сегодня фамилия остаётся редкой. Её носительницы могут с уверенностью считать, что их предок был не просто «третьим сыном», а человеком, чьё прозвище закрепилось официально — что случалось не с каждым Третьяком или Третьяковым.