Фамилия Трофанюк — характерный пример украинской модели образования фамилий, которая сразу указывает на регион происхождения. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, украинский суффикс -юк обозначает принадлежность к роду: буквально «маленький» или «сын» того, чьё имя лежит в основе. Трофанюк — это «сын Трофана».

В основе фамилии лежит разговорная форма Трофан, производная от канонического крестильного имени Трофим. В народной речи имя часто упрощалось: отпадал конечный слог, и Трофим превращался в Трофан. Такое переоформление — обычное дело для восточнославянской антропонимии: вспомните, как из Филиппа получался Филин, а из Димитрия — Демьян. Имя Трофим греческого происхождения, означает «кормилец», «питомец», но к моменту появления фамилии это значение уже стерлось и воспринималось просто как личное имя.

Суффикс -юк распространён прежде всего в западных и центральных областях Украины — на Волыни, Подолье, в Галичине. Фамилия Трофанюк, скорее всего, закрепилась именно там. Носители фамилии — потомки человека по имени Трофан, которого в документах или в быту отличали от других Трофанов именно по отчеству: Трофанюк, то есть «Трофанов сын». Со временем это прозвание перестало быть указанием на родство и стало наследственной фамилией.

Интересно, что в русской среде аналогичная фамилия звучала бы как Трофанов — с типичным русским суффиксом. Трофанюк же сохраняет именно украинский колорит. Встречаются и другие варианты от той же основы: Трофаненко, Трофановский, Трофанчук — но все они восходят к одному корню и к одному имени Трофим в его народной переделке.

Сведений о сословной принадлежности Трофанюков нет, но по модели образования фамилия характерна для крестьян и мещан — именно в этих слоях были распространены патронимические фамилии на -ук/-юк. Дворянские фамилии чаще образовывались с помощью суффиксов -ский/-цкий. Так что, скорее всего, предки носителя фамилии Трофанюк были простыми людьми, чью родословную можно проследить по украинским метрическим книгам XIX века.