Фамилия Трофан — редкий случай, когда перед нами не отчество, а напрямую усечённая форма канонического имени. В основе лежит крестильное имя Трофим (от греческого «трофимос» — кормилец, питомец). В русской народной традиции это имя часто сокращали, отбрасывая конец: Троха, Троша, Троня — и, как видим, Трофан. Такая модель образования без патронимического суффикса (-ов, -ин) характерна для западнорусских и украинских земель, где фамилии нередко застывали в форме самого прозвища или имени.

Суффикс -ан в фамилии Трофан — не уменьшительно-ласкательный, а скорее просторечный, «огрубляющий». В русской ономастике такие формы давали именам бытовое, обиходное звучание: Иван — Ива́н, Степан — Степа́н, Трофим — Трофа́н. Это не прозвище по внешности или занятию, а именно разговорный вариант имени, который закрепился за человеком и перешёл к его детям. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей, записанных как Трофан, без отчества — то есть фамилия возникла, когда имя стало наследственным.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу: чаще всего она встречается на Украине (особенно в Черкасской и Винницкой областях) и в приграничных с Украиной регионах России — Брянской, Курской, Белгородской. Это подтверждает предположение о её происхождении в среде, где фамилии на -ан были более распространены, чем на севере или востоке.

Однокоренные фамилии — Трофимов, Трохин, Трошкин — куда многочисленнее, но Трофан стоит особняком. Он не укладывается в стандартную модель «имя + суффикс», а потому кажется либо очень старым, либо, наоборот, поздним, возникшим уже после отмены крепостного права, когда фамилии фиксировали в упрощённой форме. Спорный момент: могла ли фамилия образоваться от прозвища Трофан, связанного с глаголом «трофить» (в диалектах — «кормить, содержать»)? Версия правдоподобна, но менее вероятна: имя Трофим давало более прямой и естественный путь.

Таким образом, носитель фамилии Трофан может считать своим предком человека, которого в обиходе звали просто Трофан — сокращённо от Трофим. Скорее всего, это был крестьянин или ремесленник из южнорусских или украинских губерний, а сама фамилия закрепилась за ним без отчества, что говорит о её простонародном, недворянском происхождении.