Фамилия Троган — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ов или -ин, что сразу наводит на мысль о нерусском корне. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из западных или южных славянских языков, либо из еврейской среды, где такие краткие формы встречаются чаще.

Самая вероятная версия — связь с польским или украинским словом «трог» (trog), означающим «желоб», «корыто», «лохань». В этом случае Троган — прозвище человека, который делал такие изделия (бондаря, плотника) или жил рядом с характерным природным желобом, оврагом. В польском языке есть и глагол «trogać» — «тереть», «драть», что могло относиться к человеку с грубой, «драной» одеждой или к тому, кто занимался обработкой дерева.

Менее распространённая, но возможная версия — искажённое румынское или молдавское «троган» (trogan) — «телега», «повозка». Тогда предок мог быть возчиком или извозчиком. В пользу этой гипотезы говорит то, что на юге России и в Бессарабии фамилии с таким звучанием встречаются чаще, чем в центральных областях.

В русском контексте фамилия Троган могла возникнуть и как усечённая форма от более длинной фамилии вроде Троганов или Трогановский, но из-за отсутствия суффикса принадлежности она выглядит как застывшее прозвище. Географически Троганы встречаются в западных регионах бывшей Речи Посполитой, на Украине, а также среди потомков переселенцев из этих земель в Сибирь и на Дальний Восток.

Однозначного ответа на вопрос, кем был первый носитель, нет, но все версии сходятся в одном: прозвище было связано с ремеслом или бытовым предметом, а не с именем или названием животного. Это делает фамилию Троган характерным примером «говорящего» прозвища, которое со временем закрепилось как наследственное имя.