Фамилия Трофимкина образована от мужского крестильного имени Трофим, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В переводе с древнегреческого это имя означает «кормилец», «питающий». В основу фамилии легла не полная, а производная, уменьшительная форма — Трофимка. Именно так в быту, в кругу семьи или в крестьянской среде называли человека, носившего полное имя Трофим.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая: к основе Трофимк- добавили суффикс притяжательности -ин, который указывает на принадлежность. Фамилия Трофимкина буквально отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Трофимки» или «дочь Трофимки». Такой тип фамилий, по наблюдениям лингвиста Б. Унбегауна, был особенно типичен для северных и центральных регионов России, где имена с уменьшительными суффиксами чаще становились основой родовых прозваний.

Судя по форме, основатель рода Трофимкиных вряд ли принадлежал к высшей аристократии. Дворянские фамилии обычно образовывались от полных крестильных имён (Трофимов), тогда как просторечные и уменьшительные варианты закреплялись за простыми людьми — крестьянами, ремесленниками, посадским людом. Поэтому можно с уверенностью сказать, что предки носителей этой фамилии были выходцами из крестьянской или рабочей среды, а само имя Трофимка в старину звучало не пренебрежительно, а тепло и привычно.

Интересно, что фамилия сохранила именно женскую форму — Трофимкина. В русской традиции так записывали и женщин, и мужчин в документах, где фамилия стояла в форме женского рода, либо так закрепилась фамилия за вдовой или матерью семейства. Впрочем, чаще всего это просто особенность написания, которая не меняет исторического смысла: потомок человека по имени Трофимка со временем получил родовое прозвание Трофимкины, и оно закрепилось за его семьёй.

Однокоренные фамилии — Трофимов, Трофимцев, Трофимович, Трошкин — образованы от других форм того же имени, и все они восходят к одному корню. Но именно Трофимкина выделяется своей разговорной, народной окраской: она звучит как отголосок живой речи, в которой имя Трофимка было обычным делом.